يهدف هذا البرنامج من خلال الخطة المعدة بعناية و دراسة معمقة ومن خلال الكادر الأكاديمي و المختبرات البحثية في كلية الصيدلة خاصة و جامعة القدس عامة إلى ما يلي:

1. تعزيز البحث العلمي في مجال اكتشاف و تطوير الأدوية بالتعاون مع مؤسسات الصناعات الدوائية الفلسطينية

إذ أن غالبية أعضاء هيئة التدريس في كلية الصيدلة يقومون بإجراء بحوث عالية الجودة في مختلف مجالات العلوم الصيدلانية بما في ذلك الكيمياء الطبية (تحليل الأدوية, تصميم واكتشاف الأدوية الجديدة) ، الصيدلانيات (تحسين توصيل الدواء في الجسم ، وصياغته وأشكاله)، وعقاقير العلاج بالنباتات (اكتشاف المنتجات الطبيعية العلاجية الجديدة).حيث يهدف هذا البرنامج إلى توجيه هذه الأبحاث و وضعها في قالب مشترك مع الصناعة الفلسطينية

2. تعزيز البحث العلمي في مجال الصيدلة السريرية

فبالإضافة إلى العلوم الصيدلانية الأساسية المذكورة في الهدف الأول ، ينشط بعض أعضاء هيئة التدريس في مجالات البحوث المتصلة بالصحة والصيدلة السريرية والممارسات الصيدلانية. حيث يهدف البرنامج إلى تعزيز و تطوير هذه الأبحاث لوضعها في قالب أكاديمي مشترك بين جامعة القدس من جهة و المؤسسات الصحية الفلسطينية من جهة الأخرى.

3. تأهيل خرجين ذو كفاءة عالية و إكسابهم الخبرة العلمية والعملية والبحثية و فتح أفق الدراسات العليا (الدكتوراه) في الجامعات العربية والدولية

إن هذا البرنامج سيعمل على توفير التعليم الصيدلاني المبتكر والمعاصر ضمن المعايير الدولية ملتزما بكفاءة الخريجين المهنية وتعزيز مهاراتهم في حل المشكلات في حياتهم المهنية والاستقلالية في التفكير والتعلم الذاتي مع متابعة الأبحاث العلمية التي تعتبر حيوية للنهوض بالمهنة. وتحسين الصحة والرفاه لشعب فلسطين.

4. تحسين وتطوير الصناعة الدوائية الفلسطينية من خلال طرح الحلول العلمية للعديد من المشاكل التقنية التي تواجه صناعة الأدوية

و ذلك من خلال التعاون بين مصانع الأدوية و كلية الصيدلة في جامعة القدس التي ترتبط بالعديد من المشاريع البحثية مع العديد من مراكز الأبحاث والجامعات في العالم ومن خلال اشتراكها في العديد من قواعد البيانات الخاصة بالأبحاث العلمية وامتلاكها لمجموعة ضخمة من الكتب العلمية التي يمكن الاعتماد عليها في تحقيق هذا الهدف

5. العمل على استخلاص وفحص الفعالية الدوائية للعديد من النباتات الطبية التي تنمو في فلسطين

فمن خلال المختبرات و الكوادر التي تمتلكها كلية الصيدلة التي تعتبر جزءا من المجمع الصحي في جامعة القدس, الذي يضم كلا من كلية الطب و طب الأسنان و الصيدلة و التمريض و الصحة العامة و المهن الصحية, ومن خلال التعاون بين كوادر هذه الكليات الرائدة في الوطن سيتم العمل على استخدام جميع التقنيات الحديثة  المتوفرة فيه من أجل الاستفادة العلمية و الاقتصادية من هذه الثروة الطبيعية  وتسخير ذلك من أجل اكتشاف وإنتاج أدوية جديدة استنادا إلى استخدام هذه النباتات في مجال الطب الشعبي.

6. خفض تكاليف الصناعة الدوائية والنهوض في المهنة

فمن الناحية الاقتصادية ومن خلال تنفيذ مشاريع بحثية مشتركة ، فان كلية الصيدلة تلعب دورا هاما في تعزيز جودة الأدوية الفلسطينية والمضي قدما في تحسين وصناعة المستحضرات الصيدلانية في فلسطين. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الخبرة التي يتمتع بها أعضاء هيئة التدريس سوف تساعد في مراجعة الجدوى الاقتصادية لإنتاج الأدوية من أجل خفض تكاليف التشغيل وزيادة القدرة الإنتاجية لشركات الأدوية.